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灯盏花转录组分析揭示假定的野黄芩苷和绿原酸生物合成基因及其遗传标记    张广辉 云南农业大学。

文章下载链接:/uploads/tmp/genedenovo-resume-1408497802.7525176.pdf

一、研究背景与目的

灯盏花是著名的药用植物,野黄芩苷和绿原酸是该药物主要活性成分。然而,灯盏花中野黄芩苷与绿原酸的生物合成与调控机制所知甚少,并且该植物的基因组信息未知。 

研究样品:云南省泸西县灯盏花前山1号,一年生的成熟期的叶和花组织。

1. 得到灯盏花转录组参考序列数据;
2. 发现与野黄芩苷、绿原酸生物合成及转录调节相关的候选基因;
3. 寻找简单重复序列(SSR)标记,为该植物的分子标记辅助育种提供便利。

 

二、文章脉络

1.测序组装与注释

      1.1测序组装结果统计


    1.2 转录组组装结果分类统计

     1.3 Unigene的KEGG注释结果统计

2.目标基因的寻找与筛选

灯盏花中野黄芩苷和绿原酸的可能的生物合成途径

     2.1 与野黄芩苷与绿原酸生物合成相关转录本筛选

      野黄芩苷是一种黄酮葡萄糖醛酸衍生物。根据KEGG通路的分配中,大部分编码参与类黄酮生物合成与绿原酸生物合成的酶的基因被发现。

     2.2 灯盏花CYPs的系统发育树

      将所有注释为细胞色素P450(CYP)相关的unigenes放在一起,其中9个被注释到细胞色素71(CYP71)和细胞色素82(CYP82)家族。

      2.3 灯盏花R2R3-MYB转录因子的系统发育树
             R2R3-MYB:重要的黄酮特异性转录因子
            R2R3 - MYB转录因子可独立调节黄酮,黄酮醇,和栎鞣红生物合成。

3.遗传标记的分析
     3.1 EST-SSR 发现:分布与频率
            用MISA软件检测所有的73092个unigenes发现潜在的SSRs

     3.2 EST-SSR 标记多态性
           多态性SSR标记用来进行13种灯盏花品种的遗传多样性相关分析,最终在遗传相似度上将13个品种分为3个组

结果
   1.得到了灯盏花的转录组参考序列;
   2.发现与野黄芩苷、绿原酸生物合成及转录调节相关的候选基因。
   3.通过鉴定SSRs获得大量基因标记,这为该草药的分子育种与基因应用提供了有利工具。

 

 

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