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简化基因组测序

简化基因组测序服务包含两种类型建库测序策略,分别为RAD(restriction association site DNA)测序和GBS(genotyping by sequencing),两种方法各有优势。前者可以通过对测序数据进行拼接来提高获得更长的序列信息,从而引用SSR标记开发、引物设计等。而后者由于简化了建库的步骤,是一种性价比更高的基于测序进行基因分型的策略。

应用领域

遗传图谱构建及QTL定位
群体遗传学分析
局部组装及新分子标记开发

技术路线

分析内容

1. 标准信息分析
   a)  测序数据基本分析
   b)  个体RAD/GBS tag聚类及统计
   c)  群体RAD/GBS tag 聚类
   d) SNP及Indel检测

2. 高级信息分析
   a)  饱和度分析
   b)  Contigs组装(利用Paire-end read 的read2)
   c)  利用Contigs检测SNP,Indel及SSR,并进行PCR引物设计
   d)  群体变异频率统计(为后续大群体验证挑选标记提供参考)
   e)  群体进化树分析
   f)   群体结构分析(利用Structure软件分析群体间的可能基因交流)
   g)  群体主成分分析(分析群体聚类关系)
   h)  遗传图谱构建及QTL分析
   i )  遗传图谱整合(需提供同一作图群体原图谱数据)

样品要求

1. 样品类型:DNA 样品;无降解或轻微降解;无污染。
2. 样品需求量(单次):每次样品制备需要1ug 样品,如果需要多次制备样品,则需要样品总量=制备样品次数*1 ug;
3. 样品浓度:≥25 ng/μl,推荐浓度为100~200 ng/μl;
4. 推荐样本大小:子代个体数≥ 100;

项目周期

标准流程的运转周期约为45 个工作日。

参考文献

  1.  Miller MR, Dunham JP, Amores A, Cresko WA, & Johnson EA (2007) Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD) markers. Genome research 17(2):240-248.
  2. Hohenlohe PA, et al. (2010) Population genomics of parallel adaptation in threespine stickleback using sequenced RAD tags. PLoS Genet 6(2):e1000862.
  3. Hohenlohe PA, Amish SJ, Catchen JM, Allendorf FW, & Luikart G (2011) Next-generation RAD sequencing identifies thousands of SNPs for assessing hybridization between rainbow and westslope cutthroat trout. Molecular ecology resources 11 Suppl 1:117-122.
  4.  Yang H, et al. (2012) Application of next-generation sequencing for rapid marker development in molecular plant breeding: a case study on anthracnose disease resistance in Lupinus angustifolius L. BMC genomics 13:318.
  5.  Ward JA, et al. (2013) Saturated linkage map construction in Rubus idaeus using genotyping by sequencing and genome-independent imputation. BMC genomics 14:2.