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CHIP测序

染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是指对染色质免疫共沉淀(ChIP)即使用抗体中和特定的蛋白,富集特异性交联的DNA-蛋白质复合体,然后将寡核苷酸接头与特异性蛋白结合的DNA延伸拼接,进而对染色质免疫共沉淀获得的微量DNA片断进行海量平行测序。

CHIP测序与低分辨率的Chip芯片技术不同,ChIP-Seq经一次测序就准确地进行全基因组的关联分析,实现了全基因组范围内更精确、更敏感、更经济的定位目标蛋白所有的结合位点。可以解决芯片固定数量的阵列特征或候选序列的问题,自由阐释结合事件。

应用领域

判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型
精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点
组蛋白共价修饰与基因表达的关系的研究
转录因子结合位点和功能研究

技术路线

分析内容

1. 标准信息分析
对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列;统计结果包括:测定的序列(Reads)长度、 Reads 数量、数据产量
2. 高级信息分析
a)ChIP-Seq 序列与参考序列比对;
b)Peak calling :统计样品 Peak 信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数);
c)统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;
d) 给出每个样品 Peak 关联基因列表及 GO 功能注释;
e)对序列进行Motif分析;
f)在多个样品间,对Peak进行差异分析;
g)在多个样品间,对与 Peak 关联基因做差异分析;

样品要求

DNA样品需求量:总量≥ 10 ng
注:请提供DNA打断时的检测胶图,要求打断后的DNA电泳主带在100-500bp范围内,建议在250bp左右。

项目周期

若客户提供的是细胞系样品,标准流程的完成时间约为90个工作日;
若客户提供的是免疫沉淀后的DNA样品,标准流程完成时间约为45个工作日;

参考文献

  1. Johannes Schödel, Spyros Oikonomopoulos, Jiannis Ragoussis, Christopher W., Peter J., RatcliffePugh and David R. Mole. High-resolution genome-wide mapping of HIF-binding sites by ChIP-seq. Blood June 9, 2011 vol. 117 no. 23 e207-e217
  2. Michael J. Hitchler and Judd C. Rice. Genome-Wide Epigenetic Analysis of Human Pluripotent Stem Cells by ChIP and ChIP-Seq. Methods in Molecular Biology, 2011, Volume 767, Part 4, 253-267,
  3. Ionas Erb, Juan R. González-Vallinas, Giovanni Bussotti, Enrique Blanco, Eduardo Eyras and Cédric Notredame. Use of ChIP-Seq data for the design of a multiple promoter-alignment method. Nucl. Acids Res. (2012) doi: 10.1093/nar/gkr1292
  4. Yiwen Chen, Clifford A Meyer, Tao Liu, Wei Li, Jun S Liu, Xiaole Shirley Liu. MM-ChIP enables integrative analysis of cross-platform and between-laboratory ChIP-chip or ChIP-seq data. genome research 12:R11
  5. Sylvia C. Hewitt, Leping Li, Sara A. Grimm, Yu Chen, Liwen Liu, Yin Li, Pierre R. Bushel, David Fargo and Kenneth S. Korach. Whole-Genome Estrogen Receptor α Binding in Mouse Uterine Tissue Revealed by ChIP-Seq. Molecular Endocrinology May 1, 2012 vol. 26 no. 5 887-898
  6. Mariann Micsinai, Fabio Parisi, Francesco Strino, Patrik Asp, Brian D. Dynlacht and Yuval Kluger. Picking ChIP-seq peak detectors for analyzing chromatin modification experiments. Nucl. Acids Res. (2012) doi: 10.1093/nar/gks048