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医学RIP测序

RIP-seq是以RNA 结合蛋白免疫沉淀(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay, RIP)为基础,采用特异性抗体对RNA结合蛋白进行免疫共沉淀。沉淀后,分离RNA,通过高通量测序,在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行分析。 RIP-seq可在全转录组范围内揭示RNA分子与RBP相互作用,包括非编码RNA与蛋白的互作。


应用领域
特定蛋白特异结合的RNA区域或种类
不同蛋白结合RNA种类差异分析
miRNA靶向调控基因


技术路线

分析内容

1.数据过滤与质量评估:测序质量评估、碱基组成与质量分析、过滤信息统计;
2.比对统计:比对核糖体、比对参考基因组、基因组测序深度分布、reads在染色体上的分布;
3.peak分析与注释: peak calling、peak 富集倍数分布、peak 相关基因分析、peak在基因功能元件上的分布、Peak相关基因的GO/ KEGG功能富集分析、peak以及周边基因结构的可视化;
4. motif分析检测蛋白特异性结合位点;
5.多样品间的差异分析:样本关系分析、差异peak分析、差异peak相关基因GO/KEGG功能富集分析。


样品要求
RIP捕获的RNA>500ng,浓度>30ng/μL,OD260/280为1.8-2.0,OD260/230为1.5-1.8。


项目周期
标准流程完成时间为50个工作日。


参考文献
1.Zhao J, Ohsumi T K, Kung J T, et al. Genome-wide identification of Polycomb-associated RNAs by RIP-seq[J]. Molecular Cell, 2010, 40(6):939
2.Jayaseelan S, Doyle F, Tenenbaum S A. Profiling post-transcriptionally networked mRNA subsets using RIP-Chip and RIP-Seq[J]. Methods, 2014, 67(1):13-19
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5.Nussbacher J K, Batra R, Lagier-Tourenne C, et al. RNA-binding proteins in neurodegeneration: Seq and you shall receive[J]. Trends in Neurosciences, 2015, 38(4):226
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