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真菌基因组测序

微生物基因组de novo测序,是一种在无参考基因组的情况下,对微生物基因组序列进行从头组装,并结合数据库对基因组进行注释,以此为基础开展相关下游分析的产品。我们采用读长更长的Pacbio三代测序技术,能够保证基因组序列组装的完整性。同时,根据不同的研究目的,我们还提供基因组框架图,精细图和完成图三种研究策略,以满足客户的不同需求。随着测序技术的发展、测序成本的降低,完成某微生物物种的全基因组序列图谱已成为必然趋势。一个物种基因组序列图谱的完成,将带动该物种一系列后续研究的开展。

应用领域
1、物种分类地方鉴定
2、物种进化分析

技术路线

分析内容
标准信息分析
1. 去除接头污染和低质量数据
2. 数据产出及质控统计

高级信息分析
1. 真菌框架图组装、组装结果优化和评价
2. 基因组组分分析
    真菌基因预测:默认使用Augustus(有近缘参考序列)或GeneMark-ES(无近缘参考序列)
    真菌重复序列分析
    真菌非编码RNA 预测
3. 基因基本功能分析
    基因KEGG功能注释与统计
    基因KOG功能注释与统计
    基因SwissProt功能注释与统计
    基因NR功能注释与统计
    基因GO功能注释与统计
    基因结构域分析(Pfam)
4. 真菌致病相关分析
    基因PHI功能注释与统计
    基因CAZy功能注释与统计
    真菌分泌蛋白预测
    真菌次生代谢基因簇分析
    定制化信息分析(请选择需要分析内容)
可根据客户需求协商制定
1、共线性分析(2 reference)
2、基因家族分析(2≤reference≤5)
3、共有和特有基因分析(2≤reference≤4)
4、系统进化树分析 (需提供不少于5个近源物种及作图基因信息)

样品要求
1)样品类型: DNA/菌体;
2)样品需求量:菌体样本:≥5g; 框架图基因组DNA:≥2μg;完成图基因组DNA:≥10μg;
3)样品浓度:≥30ng/µL;
4)样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。

项目周期
一般30个工作日,具体视基因组大小而定。